«Управляем экспериментальным хаосом»: чем занимается Отдел разработки биоинформатического программного обеспечения в BIOCAD
Когда мы смотрим на фотографии популярных актеров, то вряд ли задумываемся, какая работа была проделана командой, которая осталась за кадром. Звезды хотят попробовать разные ракурсы и позы, фотограф — задействовать в съемке необычный свет и реквизит, а визажист — сделать модный макияж.
Но выбрать из множества идей самые классные можно только после тщательной подготовки. Аналитики, менеджеры и PR-специалисты следят за инфлюенсерами и трендами, чтобы в итоге получилась фотография, которая запомнится миллионам.
В Отделе разработки биоинформатического программного обеспечения происходит нечто подобное. Только вместо актеров и визажистов ребята работают с биологами и структурными биоинформатиками. И позволяют сделать их лучший «снимок» — синтезировать молекулу, которая поможет в лечении какого-либо заболевания.
Чем еще занимаются в отделе, рассказывают его сотрудники.
Спасают от неэффективности и рутины
Команда разработки биоинформатического программного обеспечения работает в RED (Research and Early Development). По духу ранняя разработка — это такое бурлящее, кипящее экспериментами, пробами и ошибками место, в котором постоянно рождается множество идей. Здесь структурные биоинформатики пробуют апгрейдить уже имеющиеся молекулы, чтобы они стали лучше. Или моделируют молекулы «с нуля».
Но цель одна — довести идею препарата до финального кандидата и вывести готовый препарат на рынок. В ходе экспериментов нужно доказать, что полученная молекула действительно работает — может бороться с тем или иным заболеванием.
Все эксперименты можно, конечно, проводить в лаборатории, не снимая белого халата. Брать молекулу, вносить в нее различные изменения, проводить эксперименты. И с какой-нибудь «-дцатой» попытки что-то, наверное, получится. Но в таком случае ранняя разработка занимала бы много времени, денег, и, скорее всего, у нас бы ничего не окупалось и не выходило на рынок. Чтобы как-то оптимизировать экспериментальный хаос, есть мы. По сути, весь Департамент вычислительной биологии работает для того, чтобы предсказывать, какой эксперимент будет лучше остальных, и подсказывать: чтобы получить какой-то результат, нужно изменить молекулу в определенном месте.
Структурным биоинформатикам требуются уже не пипетки и колбы, а программное обеспечение, позволяющее им предсказывать и рассчитывать нужные параметры молекул, которые они не видят глазами. Сотрудникам лаборатории, которым биоинформатики приносят гипотезы для экспериментов, тоже не помешали бы программы, подсказывающие, например, как правильно собрать молекулы из частей и как оптимально провести отборный процесс. А еще желательно автоматизировать и рутинную ручную работу — например, заполнение документов. Тут-то и появляется на горизонте Отдел разработки биоинформатического программного обеспечения — команда спасателей от неэффективных стратегий и рутинных действий.
А чтобы каждый сотрудник лаборатории мог быстро разобраться в программе и узнать о новых фичах, команда разрабатывает микросервисы. С их помощью коллегам рассылают уведомления об изменениях и подсказки, которые упрощают рабочие процессы.
Разрабатывать различные вспомогательные сервисы — моя задача. Иногда нужно сделать телеграм-бот, который бы присылал какие-то оповещения, или написать код для программы, чтобы оптимизировать хранение или обработку каких-то файлов. Это небольшие проекты, которые мы встраиваем в более крупные, чтобы те лучше работали.
Делают жизнь в лаборатории проще
Задача команды — выявить, какие потребности есть у коллег в лаборатории, и закрыть их с помощью удобных программных решений.
Моя команда состоит из людей, которые, с одной стороны, понимают то, над чем работают биологи, и анализируют их проблемы, а с другой — умеют перекладывать свои биологические размышления на язык компьютерного кода и пишут работающие программы.
Безопасная иммунизация
В качестве примера Константин рассказал, как создавали базу праймеров. Представьте, что вам нужно получить антитело, чтобы на основе него разработать препарат для лечения некоторого заболевания. Где взять это антитело? У ламы путем иммунизации. Вводите ламе антиген, в ответ на который у нее вырабатываются антитела — теперь их нужно достать. Важно, что введение антигена безопасно и от этого ламы не могут заболеть раком. Вы, конечно, не знаете, как устроен шифр для антитела, но зато примерно знаете, как устроены его начало и конец.
Полезная реакция
И при помощи полимеразной цепной реакции можно, зная начало и конец, «прилепить» к ДНК два кусочка, которые называются праймерами. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) скопирует то, что находится между ними, — и вуаля! Чтобы это провернуть, нужно подходящие праймеры подобрать. А чтобы их подобрать, нужна база данных о том, как устроены антитела ламы, и достаточно умная программа, которая, имея эту базу, рассчитает, какие праймеры оптимально взять, чтобы их было немного, но при этом они подходили как ключ ко всем замкам — к потенциальным антителам. Такой набор праймеров, который можно использовать в дальнейшем при аналогичных задачах, создала команда отдела.
Научная автоматизация: не скучно, а увлекательно
И это — один из множества примеров того, как ребята стараются делать работу ученых проще, автоматизируя все, что возможно. Задачи бывают самые разноплановые и нетривиальные. Это помогает оставаться вовлеченными и не терять мотивацию.
Например, есть задача создать какую-то программу. Если ее разработка занимает долгое время, то в какой-то момент начинаешь уставать от однообразия. И вдруг тебе прилетает задача проанализировать статью. В этот момент думаешь: «Как же вовремя!» Такая смена деятельности помогает переключиться и со временем взглянуть на проект свежим взглядом.
Ломают стереотипы
Начнем с гендерных: считается, что в IT больше мужчин. Но в Отделе разработки биоинформатического программного обеспечения BIOCAD сейчас девять сотрудников, из которых семь — девушки. И большинство из них не первый год работают в компании.
Еще одно заблуждение — кардинально менять профессию в какой-то момент построения карьеры уже поздно. С этим точно не согласится руководитель отдела Константин Тыщук, в прошлом математик и сотрудник финансовой организации.
Я всегда хотел, чтобы моя работа давала какие-то практические результаты и приносила пользу. В BIOCAD для меня все совпало: здесь я смог показать математическую смекалку и свои, тогда еще начальные, навыки программирования. А главное — участвовать в создании лекарств, которые помогают людям выздороветь и дольше прожить.
Я ничего не понимал в биотехнологиях, а биологию пришлось подхватывать на ходу. Погружался в тему благодаря отзывчивым людям. Коллеги мне что-то объясняли и терпеливо слушали математические мысли, которыми я делился.
И наконец, многие считают, что прийти в биотех из другой сферы, не имеющей отношения к естественным наукам, очень трудно. Но пример Екатерины Фильчаковой доказывает обратное:
«Мой карьерный путь до BIOCAD был витиеватым. Сначала я преподавала английский язык, потом работала в IT-компании, но в отделе персонала специалистом по внутренним коммуникациям.
Перемены начинаются с желания учиться
В какой-то момент захотелось войти в IT полноценно. Я переучилась на бизнес-аналитика, получила опыт в этой профессии. И когда настало время менять компанию, отправила резюме в BIOCAD и успешно прошла собеседование. В команде я стала первым аналитиком — ранее этой выделенной роли в Отделе разработки биоинформатического программного обеспечения не было. На старте мои знания биологии ограничивались школьной программой. Поначалу было непросто, но я работаю здесь уже три года и могу с уверенностью сказать, что всему можно обучиться, если захотеть. Коллеги всегда помогают: стараются буквально на пальцах объяснить какие-то сложные биологические вещи.
Мостик между лабораторией и ИТ
Я не пишу код, не занимаюсь биологией и биоинформатикой. Моя задача — общаться с коллегами из лаборатории и собирать обратную связь: регулярно спрашивать у биологов, какие инструменты им нужны, чего не хватает в программе, что хотелось бы улучшить или, наоборот, убрать. И на этом моя работа не заканчивается: дальше я делюсь этой информацией с командой, оцениваю сложность задачи, назначаю исполнителя — бэкенд- или фронтенд-разработчика. И отвечаю за релиз».
Берегут мотивацию и любят то, что делают
Всегда приятно видеть, что результат твоей работы востребован — когда программами пользуются в лаборатории. А так как конечные пользователи — это коллеги, то обратная связь, в том числе благодарность, приходит сразу. Это мотивирует делать больше. Особая гордость — обновить сервис или создать программу всего за пару недель после того, как биологи сообщили о необходимости нового функционала.
Если раньше в лаборатории долго заполняли одни и те же документы вручную, то теперь, с программой на компьютере, это делают в два клика. А освободившееся время тратят на эксперименты и научный поиск. Иначе говоря, польза от работы отдела выходит за рамки одной лаборатории — помогает всей компании. От этого становится вдвойне приятно.
Немаловажным фактором в поддержании рабочего настроя является дружелюбная атмосфера внутри команды.
Мы стараемся делать жизнь друг друга комфортной с эмоциональной точки зрения: общаемся дружелюбно и с юмором, стараемся быть открытыми к вопросам коллег. А еще мы работаем в основном удаленно, но раньше у нас была такая традиция — раз в пару недель встречаться в офисе и вместе обедать. Сейчас мы немного забросили эту идею, но надеюсь, летом сможем к ней вернуться. Чтобы не забывать, как коллеги вживую выглядят.
Выбирают компанию, в которой работают
Мы попросили ребят из команды назвать причины, по которым они выбирают BIOCAD. И вот какой список из этого получился:
- Возможности для развития и роста
Интересные задачи, а если чего-то не знаешь — не проблема, научишься. - Влияние на процессы
Можно быть несогласным, корректно аргументировать свою точку зрения, предлагать идеи — тебя обязательно выслушают. - Миссия и ценности
Работа в компании дает ощущение того, что ты делаешь мир чуточку лучше, будучи причастным к созданию препаратов для лечения тяжелых заболеваний. - Корпоративная культура
Возможности, которые компания предлагает сотрудникам, например, участие в просветительских проектах со студентами. - Люди
Весь Департамент вычислительной биологии — это потрясающая команда, и быть ее частью действительно ценно.
В целом, благодаря людям, в BIOCAD очень комфортно работать. Здесь много единомышленников, которые, как и ты, любят свою работу и хотят делать ее хорошо.
И напоследок: все границы — только в твоей голове
Тем, кто только начинает свою карьеру, ребята дают такой совет: вылезайте из информационного пузыря, в котором находитесь. Не бойтесь узнавать о смежных отраслях, даже если кажется, что они очень далеки от того, чем вы занимаетесь.
Смотрите шире. У меня была только математика, и я даже не знал, что за ее пределами есть чудесный мир. Это открытие перевернуло мою карьеру. Поэтому не ограничивайтесь одним направлением — ищите свою профессию по всему спектру, особенно на стыках наук.
Там, где математика встречает биологию, рождается новое лекарство — мы как раз в этой точке.