Зачем биоинформатике фронтенд: неожиданные связи в мире технологий

Какую роль играют интерфейсы в ранней разработке препаратов? Обязательно ли иметь научный бэкграунд, чтобы попасть в IT-комьюнити? Об этом B—News рассказала Маша Кондаурова, руководитель Группы разработки интерфейсов в Департаменте вычислительной биологии. А еще мы попросили Машу рассказать ее личную историю о том, как она оказалась на этом месте и как справляется с кучей задач.

Сделать удобно — главная цель, к которой мы стремимся

Однажды мне попалась вакансия разработчика интерфейсов в BIOCAD. Я знала, что это отечественная компания, занимающаяся разработкой лекарственных препаратов. «И зачем им пилить фронт?» — подумала я и отправила резюме. Вскоре приняла оффер, так началась взаимная любовь с BIOCAD. Но давайте по порядку.

В Департаменте вычислительной биологии есть Группа разработки интерфейсов, цель которой — создавать юзерфрендли-оболочки для внутренних продуктов. Один из них — маркетплейс различных биоинформатических инструментов и алгоритмов, которые помогают людям решать их задачи в лабораториях, применяя биоинформатику к разработке лекарственных препаратов. Например, такие инструменты позволяют преобразовать аминокислотную последовательность белка в нуклеотидную — и наоборот. Или проверить и сформировать документы и помочь с обработкой данных из научных статей (зачастую информация в чужих научных статьях представляется в виде нечитаемых картинок).

А еще один наш продукт аккумулирует в себе всю информацию об имеющихся и разрабатываемых антителах. Мы загружаем туда результаты экспериментов, наработок, делаем поиск и работу с информацией удобнее. Стараемся охватить как можно больше процессов ранней разработки в нашем приложении: оптимизировать рутинные процессы и снизить когнитивную нагрузку в работе ученого.

Приведу пример, как у нас выглядит стандартная разработка препарата на основе моноклонального антитела.

Шаг 1. Выбираем мишень — антиген, с которым хотим помочь организму справиться, чтобы человек выздоровел.

Теперь нужно получить антитело, которое в связке с антигеном приведет к нейтрализации последнего, и организм человека даст иммунный ответ.

Шаг 2. Берем безопасную часть этого антигена и вводим в кровь ламы, иммунитет которой нарабатывает нужные нам антитела.

Важно отметить, что процедура не вредит жизни и здоровью ламы. Этот процесс можно сравнить с мелким порезом, как, например, кто-то ел малину с куста и случайно укололся. В ранку попадает что-то чуждое организму (грязь, бактерии и тому подобное), и наш иммунитет воспринимает это как антиген и начинает на него реагировать — вырабатывать антитела. Если же такой процесс происходит намеренно — в рамках медицинской процедуры, — это уже будет называться иммунизацией.

Маша в ламовнике BIOCAD

Кстати, иммунизировать можно не только ламу, но и мышку, и кролика, и верблюда, и даже акулу. Но в любом случае мы не можем «загрузить» полученное антитело сразу в человека, так как наши антитела отличаются от антител животных по структуре. Антитело нужно гуманизировать, то есть сделать более близким к человеческому.

Антитела — сложная 3D-структура. Каждая отдельная аминокислота, из которой состоит это антитело, обладает какими-то свойствами. Например, может отталкивать или притягивать воду. И если заменить хотя бы одну из них, легко можно все сломать или, наоборот, добиться нужных свойств. Это и есть работа структурных биоинформатиков — дорабатывать цепочку антитела для лучшей сцепки с антигеном. И здесь, чтобы было полегче, мы стараемся помогать всеми возможными способами.

3D-структура антитела и аминокислотная последовательность, которая внутри антитела

Представьте, что нужно найти отличия между практически идентичными цепочками аминокислот — строчками из букв. Конечно, это можно сделать и без специального функционала, используя собственные глаза. На фронте нам несложно сравнить такие последовательности побуквенно и показать, какие буковки отличаются, подсветить их человеку. А еще мы можем покрасить их в разные цвета в зависимости от физических свойств — например, гидрофобные, которые отталкивают воду или притягивают.

Чтобы дизайнить антитело, очень много приходится «работать глазами», считывая большие объемы информации. У нас даже появился мемный термин — «высокоточная глазометрия». И как раз одна из задач фронтенда — уменьшить применение этого метода измерения.

Интерфейсы окружают нас повсюду и играют ключевую роль в том, как мы взаимодействуем с цифровыми продуктами. Даже сейчас, читая эту статью, вы смотрите на экран. Хорошо продуманные элементы дизайна, навигация, адаптивность и верстка напрямую влияют на то, насколько удобно и понятно работать с контентом — то есть формируют пользовательский опыт, а значит, и успех продукта в целом. С развитием «диджитализации» потребности и ожидания пользователей сильно выросли, поэтому сегодня наравне с содержанием важна и подача. А подача — это интерфейсы.

У нас продукты внутренние, но чтобы они приносили максимум пользы, фронтенд играет немаловажную роль.

Графическое представление антитела

Но так как сегодня мы обсуждаем, чем занимается моя команда, то говорим про создание самих интерфейсов. Часто нужно графическое представление антитела с какими-то модификациями, которые были внесены, — например, чтобы вставить в презентацию доклада. Где его взять? Можно самому нарисовать, но зачем? Мы сделаем в интерфейсе кнопочку, которая будет скачивать красивую картинку. И люди будут тратить меньше времени на визуализацию.

Или можно сделать поиск, который будет искать среди всех наших белков — по кусочку последовательности или даже по одной букве из архивных данных. Можно будет понять, кто загрузил, когда загрузил, где использовал это антитело. Многостраничные отчеты превращаем в «отчетики» — делаем их визуально компактнее и понятнее, добавляем инфографику, чтобы пользователь мог быстро сориентироваться в большом объеме информации.

Ничего не понятно, но очень интересно

В Направлении ранней разработки препаратов есть не только научная работа и производственная деятельность, требующая соответствующего образования. Есть еще программирование, дизайн и многое другое. Совсем не обязательно быть биологом, чтобы попасть к нам. Но важно, чтобы эта область науки вызывала интерес, потому что в любом случае придется погружаться в контекст.

Бывает, на старте дизайнер был очень далек от темы, но в процессе работы ему пришлось погрузиться достаточно глубоко, чтобы отрисовать что-то понятное и осмысленное. Но ведь это касается любой области — нужно разбираться в специфике, с которой работаешь, будь то бигтех, банки или торговля.

Первое время ничего не понятно. Когда только начинаешь ходить на командные звонки, кажется, что люди говорят на каком-то совершенно незнакомом языке — и только изредка проскакивают слова из знакомого тебе языка программирования. Но постепенно погружаешься в рабочие задачи, контекст накапливается, и начинаешь понимать научные термины. Делаешь задачку — и уже ясно, зачем нужна эта кнопка, какой результат от нее ждет пользователь и почему это важно.

Всем новым сотрудникам в департаменте мы выдаем информационный стартерпак с материалами. В том числе, например, у нашего аналитика есть курс, который он записывал специально — о том, как разрабатываются лекарственные препараты на основе антител.

Во-первых, это создает новые нейронные связи, а во-вторых, может оказаться полезным на практике. Например, расскажешь про какие-то возможности браузеров, а потом коллеги приходят и говорят: «А мы хотим вот такой функционал, чтобы получать вот этот результат, потому что слышали, что так можно».

Для «кросс-опыления» внутри есть даже традиция: по пятницам коллеги из разных отделов — ML-щики, структурные биоинформатики, фронтендеры — делятся друг с другом незнакомой информацией. Недавно, например, структурный биоинформатик читал лекции по физике. Это было классно. Ничего не понятно, но очень интересно. Вообще, эта формулировка отлично описывает мои ощущения, которые я до сих пор испытываю, работая в Департаменте вычислительной биологии.

Как экономист стал фронтендером

В программирование я пришла не сразу. Я люблю компьютерные игры, поэтому мне всегда была интересна эта сфера. Волею судеб я отучилась на экономиста и в какой-то момент вдохновилась знакомым, который тогда работал верстальщиком. Верстальщик — это самая начальная ступень в интерфейсной разработке, когда ты просто собираешь внешний вид сайта без накручивания на него логики. Ради интереса решила попробовать — и как-то затянуло. Сначала меня привлекало не столько само программирование, сколько возможность делать что-то красивое. Дизайнер рисует макет, а я с помощью кода воплощаю его в виде приложения, которым будем пользоваться человек.

А дальше — по нарастающей: начинаешь интересоваться уже серьезным программированием, языками, тем, как вообще работает браузер, сервер, бэкенд и все остальное. Так постепенно эволюционируешь в разработчика.

Какое-то время я работала в госзакупках в больнице, поэтому про BIOCAD уже знала. Однажды мне попалась вакансия фронтендера в Направлении ранней разработки препаратов — я хоть и удивилась, но откликнулась. Прошла классное собеседование и приняла оффер. Так я попала в Департамент вычислительной биологии. А спустя время мне предложили стать руководителем группы фронтендеров.

Первое время было тяжело принять тот факт, что теперь я меньше пишу код. Много времени стало уходить на помощь ребятам: проконсультировать, посмотреть их код. Потом начинаешь привыкать к тому, что теперь твоя ответственность — обеспечивать комфортную разработку для команды и помогать им, в том числе решая инфраструктурные задачи.

Я пытаюсь усидеть на двух стульях: оставляю себе не очень срочные задачки на разработку и делаю их в спокойном темпе. Со временем мне удалось смириться с тем, что сегодня я могу не написать ни строчки кода — потому что декомпозирую задачи для ребят или помогаю консультациями. Есть задачи, которые другие могут выполнить ничуть не хуже меня. Это вопрос времени — и тут приходится учиться делегировать: отдавать и доверять.

Как специалисту развиваться не только внутри компании: митапы

Помимо основных обязанностей я люблю заниматься исследовательской работой — погружаться в темы, которые не всегда напрямую применимы в рабочей практике, но представляют исследовательский интерес. Я выступаю на конференциях и митапах — и это уже отдельная история.

Однажды я решила просто сходить послушать конференцию. Раньше я их обходила стороной, даже немного презирала. Обычно я получаю информацию «по хардкору» — из учебников и спецификаций, а не из видео. Но как-то мне пришла рассылка на почту, и там была фраза, которая меня зацепила: «Если вы хотите выступить, но у вас нет темы — смотрите, у нас есть черновики, и вы можете что-нибудь подготовить и прийти с этим». И я восприняла это как челлендж. В том числе — социальный: выйти на большую аудиторию, что-то рассказать, получить обратную связь, которая не всегда вызывает только приятные чувства.

В итоге я выступила. Надо сказать, получился неплохой доклад. И все — меня затянуло. Потом был подкаст с моим руководителем, потом еще выступление. Я почувствовала, что в конференциях есть свой драйв: куча людей с общими интересами в одном месте — общаются, получают информацию, задают вопросы спикерам. Захотелось еще больше такой активности. Зная, что у нас в Питере есть несколько профессиональных сообществ, решила попробовать присоединиться к одному из них. Так я сначала оказалась в команде организаторов PiterJS, а потом перешла в SPB Frontend. Теперь мы вместе организуем мероприятия.

Существует ли work-life balance?

Если говорить о том, откуда берется вдохновение и драйв, все просто: мне нравится, что я делаю пусть и небольшой, но нужный вклад в общее дело. Разработка препаратов может длиться 5–7 лет, и наша задача — сократить часть рутины и помочь людям на самом раннем этапе разработки лекарственного препарата. От этого я действительно испытываю радость.

Это и есть магия программирования: ты можешь написать несколько строк, которые заставят машинку проехать сколько-то метров. И это безумно круто! А под всем этим — двоичный код, нолики и единички. Это круто.

Но если ты очень сильно любишь свою работу, то в какой-то момент она может незаметно занять слишком много места в жизни — и ты уже жертвуешь какими-то другими ее аспектами. Поэтому тот самый work-life balance действительно важен. Периодически приходится заставлять себя останавливаться или прибегать к сторонней помощи, чтобы отвлечься. И тут очень выручают хобби.

Я занимаюсь историческим фехтованием — на время тренировки удается полностью отключить мозг от рабочих задач. Спорт — это вообще отличный способ сменить контекст, а заодно и поддержать здоровье. Еще я крашу миниатюры для настольных игр, сама играю в настолки и вяжу. Так и балансирую между работой и отдыхом. Но дается это непросто — я как загорелась миссией BIOCAD, так до сих пор ей и горю во всех смыслах. Приходится учиться управлять временем и правильно расставлять приоритеты.